Pukul 05.36 WIB, pesawat berangkat dari Surabaya menuju Singapura dengan ketinggian 32.000 kaki dan melewati jalur M635. Pukul 06.12 WIB, kontak terakhir pesawat dengan Air Traffic Controller (ATC) Jakarta, pilot meminta menghindar ke arah kiri dan meminta izin untuk naik ke ketinggian 38.000 kaki, dan permintaan tersebut disetujui oleh pihak ATC.
Pukul 06.16 WIB, pesawat masih tampak di layar radar. Pukul 06.17 WIB, pesawat hanya tinggal sinyal di dalam radar ATC.
Pukul 06.18 WIB, pesawat hilang dari radar dan pada radar tinggal data rencana terbang. Pukul 07.08 WIB, pesawat dinyatakan INCERFA, yakni tahap awal hilangnya kontak dan pihak Ditjen Perhubungan Udara melakukan kontak ke Badan SAR Nasional (Basarnas).
Pukul 07.28 WIB, pesawat dinyatakan ALERFA atau tahap berikut dalam menyatakan pesawat hilang kontak. Dan, pada pukul 07.55 WIB, pesawat dinyatakan DETRESFA atau resmi dinyatakan hilang.
Pada waktu hampir bersamaan, di tempat berbeda, di pantai Desa Kubu, Kecamatan Kumai, Kotawaringin Barat, Kalimantan Tengah, seorang warga bernama Efendi (56) meninggalkan rumah untuk memperbaiki atap kandang ayamnya yang terletak tidak jauh dari daerah pantai.
Sekitar pukul 06.30 WIB, ia mengaku melihat pesawat berwarna merah dengan kombinasi warna merah dan putih di bagian ekor terbang rendah di atas laut dari arah selatan dan berbelok ke arah timur.
